За синхронизацию компьютеров и серверов Windows отвечает сетвой протокол Network Time Protocol (NTP). NTP использует для своей работы протокол UDP порт по умолчанию 123. Что бы в дальнейшем можно было настроить работу этого сетевого протокола, необходимо проверить, не блокирует ли этот порт фаерволл.

Способы указания NTP Сервера.

   1) Команда w32tm позволяет задать список пиров, предоставляющих информацию о точном времени для домена. Чтобы получить дополнительные сведения о команде w32tm, введите в командной строке указанную команду w32tm /?
   Первым, что необходимо сделать, это выяснить  в каком состоянии находятся контролеры домена  в домене.  Для этого запускаем в командной строке команду (если у вас права  доменного администратора, то можете запустить командную строку на своей рабочей станции)
w32tm /monitor  - команда позволяет посмотреть с каким сервером (серверами)/сервисом происходит синхронизация и какая разница во времени с эталонным севером.
w32tm /config /manualpeerlist:time.windows.com /syncfromflags:manual /reliable:yes /update - этой командой мы указываем с каким сервисом/сервером будет происходить синхронизация ( в данном примере с time.windows.com).
Эта команда выполняется на контроллере домена однократно и записывает указанные адреса в реестр ( по пути HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\W32Time\Config\Parametrs в параметре NTPServer    должно быть прописано time.windows.com). Можно указать сразу несколько серверов, разделенных пробелами.

2)  Еще один способ указать контролеру домена сервер с кем он будет синхронизироваться по времени, это локальные или групповые политики. Запускаем реестр- Нажмите кнопку Пуск, выберите команду Выполнить, введите в командную строку gpedit.msc и нажмите кнопку ОК. Заходим  «Конфигурация компьютера- Политики- Административные шаблоны- Система- Служба времени Windows- Поставщики времени» и настраиваем политику. В данном примере в значении NTPServer прописываем time.windows.com, в значении Тип указываем NTP. Тип- указывает узлы одноранговой сети, принимающие синхронизацию следующих типов:

NoSync- Служба времени не синхронизируется с другими источниками.
NTP- Служба времени выполняет синхронизацию с серверами, указанными в записи реестра NtpServer.
NT5DS- Служба времени выполняет синхронизацию на основе иерархии домена.
AllSync- Служба времени использует все доступные механизмы синхронизации.

Значение CrossSiteSyncFlags выбираем 2.

CrossSiteSyncFlags. Определяет возможность выбора службой партнеров по синхронизации за пределами домена компьютера.
Нет      0
PdcOnly  1
Все          2

В значении ResolvePeerBackoffMinutes прописываем 15

ResolvePeerBackoffMinutes- указывает первоначальный интервал ожидания (в минутах) перед тем, как начать поиск узла одноранговой сети для синхронизации. Если службе времени Windows не удается успешно синхронизироваться с источником времени, будут выполняться повторные попытки с использованием указанных значений параметров ResolvePeerBackoffMinutes и ResolvePeerBackoffMaxTimes.

В значении ResolvePeerBackoffMaxTimes прописываем 7  

ResolvePeerBackoffMaxTimes- указывает максимальное число раз удвоения интервала ожидания в случае, если повторяющиеся попытки поиска узла одноранговой сети для синхронизации не дали результата. Нулевое значение предполагает, что интервал ожидания всегда равен первоначальному, указанному в параметре ResolvePeerBackoffMinutes.

В значении SpecialPollInterval прописываем 3600

SpecialPollInterval- указывает интервал специального опроса (в секундах) для узлов одноранговой сети, настроенных вручную. Если специальный опрос включен, то служба времени Windows будет использовать его интервал вместо динамического значения, определяемого с помощью алгоритмов синхронизации, встроенных в службу времени Windows.

Если вы создали политику, то ее нужно применить на все контролеры домены.