Ситуация не приятная, но легко устранимая, первым делом  необходимо проверить поврежденный носитель (а лучше и весь компьютер) антивирусом, а лучше несколькими, для этого можно воспользоваться бесплатными «одноразовыми» антивирусами dr web cureit или kaspersky virus removal tool.

Но проверка не сделает папки видимыми, для того что бы исправить ситуацию, необходимо сделать небольшой bat-ник (можно конечно в ручную все папки исправлять, но это долго и нудно). Итак, создаем текстовый файл, пишем в нем

for /F "tokens=*" %%i in ('dir /a:hs /b') do attrib -h -s "%%i"

Сохраняем файл меняя в нем расширение с txt на bat (если вы не видите расширение файла посмотрите статью- как сделать видимым расширение файов). Затем написанный bat-ник копируем в корень диска или USB флешки где скрыты папки, запускаем его двумя кликами мыши и спустя секунду все папки становятся видимыми.